Около двух с половиной лет Лефорт провёл на южных границах России и хорошо себя зарекомендовал, отражая набеги отрядов Крымского ханства. После завершения военных действий он получил отпуск и отправился в Женеву, где был очень тепло принят родными и близкими. Опытному офицеру теперь поступали предложения о службе в Англии, Франции, Германии и Нидерландах, но он заявил, что останется в России.
«Своё первое представление о Европе и её культуре Пётр получил именно благодаря Немецкой слободе и в том числе благодаря Лефорту. Когда Пётр стал полноправным правителем, Лефорт превратился в его опору в вопросе проведения реформ», – научный директор Российского военноисторического общества Михаил Мягков. Петру I нравилось бывать дома у Лефорта вместе с представителями своего ближайшего окружения.